吉首大学教师教育学院前身是2004年成立的原吉首大学高等教育研究所，2016年7月成立教育科学研究院，2019年教育学心理学教学部并入教科院。2022年7月教育科学研究院更名为教师教育学院。
教师教育学院下设教育硕士培养办、教师教育教研室、教育技术教研室，负责学校三个专业领域5个学科方向的教育硕士公共学位课程教学工作，统筹教育硕士学科点建设，并承担教育管理和小学教育硕士专业学位研究生培养工作，承担全校本科教师教育专业公共教育学科课程教学工作。
目前，有在读教育硕士专业学位研究生150名，其中教育管理专业28名（2020级11名，2021级9名，2022级8人），小学教育专业32名（2020级9名，2021级11名，2022级13人）。
